じつはキャプテンマーベルの強さの源はある事故をきっかけに彼女に体に宿ったものです。また、その事故をきっかけにクリー人によって記憶を書き換えられ、元は地球人だったのにも関わらず、自身をクリー人と信じ込まされていました。

キャプテンマーベルは元は記憶喪失のクリー人でしたが、その正体は地球人で自身の強さや能力の秘密を知り、最後にはその能力は覚醒します。

記憶を改ざんしていたクリー人によってその強すぎる力を抑え込まれていたキャプテンマーベルでしたが、記憶が戻り真相を知ったことですべての力を解放することになります。

覚醒したあとの彼女の強さはもはや誰にも止められるものではありませんでした。（これが最強と言われる理由）

惑星ハラにあるクリー帝国でヴァースという女性はある悪夢に毎晩のようにうなされていました。彼女はクリー帝国の特殊部隊"スターフォース"の一員で6年前より以前の記憶を失っていました。

ちょうど6年前にスターフォースの長官でクリー帝国の英雄ヨン・ログに拾われ、それ以降はヨン・ロッグから戦闘訓練を受ける日々を送っています。

それと一緒にヨン・ログやクリーの人工知能スプリーム・インテリジェンスから感情のコントロールを促されます。これは彼女があまりにも負けん気の強い性格のためです。

地球のレンタルビデオショップ店に墜落したキャロルダンバース。そこに何事かとS.H.I.E.L.D.のニックフューリーが新人エージェントと駆け付けます。

ウェンディ・ローソンのデータは抹消されていたもののある事故を書いた記事を見つけます。その記事によると「戦闘機の事故によってウェンディ・ローソンは亡くなった」ということが書かれていて、また資料にあった写真にキャロルダンバース自身が映っていたため、「自分も事故現場にいたのでは？」と推測をします。

そこからキャロルとニックは事故の目撃者と言われるマリア・ランボーを訪ねることにします。すると、基地にいたS.H.I.E.L.D.が長官ケラー襲い掛かってきます。

じつは彼はスクラル人が擬態していた姿で、キャロルとニックの行く手を塞いできます。2人はそこからなんとか飛行機に乗り込み脱出しましたが、なぜか一緒に猫のグースも同乗していました。

現れたスクラル人は非常に有効的な存在で、墜落事故のブラックボックスを所有していました。そのブラックボックスから当時の音声を聞き、キャロルは地球人としての自分の記憶がすべて蘇ります。

彼女はかつてウェンディ・ローソン博士とともに飛行実験を行っていて、その実験中に襲われ、戦闘機のエンジンを破壊したことでそのエネルギーが体に宿ったということ。

また、襲ってきた相手はスターフォース長官のヨン・ログで、ウェンディ・ローソン博士はヨン・ログに殺害されたことを知ります。

ここからニックとグース、マリア・ランボーにスクラル人を加えて、宇宙にあるスクラル人が隠れ住んでいる場所へと向かいます。

その場所にはかつて自分の体に宿った力の源であるエネルギーコアの元となったテッセラクトがありました。

ここからグースが敵を飲み込んだり、テッセラクトを飲み込み、その隙にスクラル人とマリア・ランボー、ニック達は宇宙船に乗り込み地球へと脱出します。

キャロルはスターフォースの面々を抑え込み、地球に向けて放たれたミサイルを破壊し、ミサイルを発射した軍艦をも破壊してクリー人を退散させることに成功します。

これによりやっと戦いは終わりました。

すべてが終わったキャロルはスクラル人たちと当たらしい星を探す旅に出ることになりました。そこでニックに対して銀河の2倍の距離まで連絡が取れるポケベルを渡して別れることになりました。