一方で洋館が映し出され、シャワールームで女性が倒れていました。窓から特殊部隊が突撃してきて、横たわる女性に状況を確認しようとしましたが、一時的に記憶喪失になっていたのです。

その女性こそ主人公の「アリス」で、兵士たちはある男性とアリスを列車へと案内しました。列車で向かった先は、アンブレラの研究施設だったのです。

兵士たちは、人工知能のレッド・クイーンをハッキングしようとします。ですが、レッド・クイーンはレーザー装置を発動させて兵士たちを殺してしまいました。アリスと一緒に連れて来られた男性は、レッド・クイーンをハッキングし閉鎖されていた施設を開いてしまいます。

その事によって、Tヴァイルの感染者たちが施設から流れ出し、ゾンビが街へと出て行ってしまったのです。

アンブレラは、モンスターを利用してアンブレラの兵士たちの能力を試そうと考えていたのです。アリスは、博士に頼まれて娘を探す事にします。アリスの話を聞いたカルロスは、学校へ向かいました。

一方でアンブレラは、街ごと壊滅させる為に爆破する計画を企てます。娘を見つけたカルロスは、保護する事に成功しました。カルロスは、アリスたちと一緒に娘を救出する為にヘリコプターへと向かっていきます。

ですが、ネメシスが登場しアリスたちは足止めされてしまいました。戦っていたアリスでしたが、ネメシスに関する記憶が蘇ってきたアリスは困惑しました。ネメシスは、アリスと同じくアンブレラに捕らえられていた男性だったのです。

死亡したアリスの遺体を防護服を着た人たちが片付けていきました。その中には、アイザックも紛れていたのです。アンブレラの幹部でもあるアイザックは、アリスのサンプルをしっかりと摂取するように指示します。

一方では別の実験が行われていて、そこにも死亡したアリスの姿がありました。そのアリスたちはクローンで、死体が運ばれた先にはたくさんのアリスの姿があったのです。

砂漠には、本物のアリスと仲間たちがさまよっていました。クレアやカルロスたちは、アリスと一緒にモーテルに身を潜めます。ですが、大量のカラスに襲われてしまいました。

アリスは、カラスを倒す為に力を使い過ぎてアイザックのレーダーに感知されてしまいます。アイザックは、急いでアリスを捕獲するように部下たちに指示しました。アリスたちは、ラスベガスに向かって食料を調達しようと考えましたが、すでにゾンビが大量発生していたのです。

ヘリコプターが墜落した事でアリスはウェスカーを見失ってしまいました。アラスカへ向かったアリスでしたが、その場で女性に襲われてしまいます。戦っている相手がクレアだと気づいたアリスでしたが、クレアは正気を失っていました。

クレアが操られている事に気づいたアリスは、デバイスを破壊してクレアを助ける事に成功します。正気を取り戻したクレアは、アリスと一緒にロスへと向かいました。

上空を飛んでいたアリスたちは生存者を発見し、助ける事にします。そこには、クレアの兄のクリスが幽閉されていました。アリスたちは他の生存者の話を聞いてクリスの開放を悩みましたが、アルカディアを目指す為に開放する事にしたのです。