状況が理解できないジェームズは、取調室にやって来たエージェントKと出会い全てを話します。エージェントKは、MIBにジェームズの事を勧誘し本部へと連れて行きました。

エージェントKは、エージェントJにMIBの説明をして捜査に連れて行きます。捜査を開始すると、逃亡しているエイリアンが人間の皮を被っている事を突き止めました。検視官のローレルは、死体の中身がない事に混乱していましたが、エージェントJとKが駆けつけます。

遺体の中に入っていたエイリアンは、戦争が近づいている事をJとKに教えました。銀河系のオリオンのベルトという言葉を聞いたJとKは、本部で謎を解くことにします。

エイリアンたちは、迫る戦争に怯えて次々に地球を去っていきました。パグの姿をしたエイリアンのフランクに会いに行くと、殺されたエイリアンの飼っているペットの首飾りに秘密があると知ります。

エージェントJは、どうやって銀河系を奪ったエイリアンが地球から逃げるのか疑問に感じました。ですが、MIBの本部にヒントが隠されていて、ツインタワーがキーワードだと感じます。

ツインタワーには、ロケットがオブジェとして置いてあったのです。駆けつけたエージェントJとエージェントKは、逃げようとするエイリアンを打ち落とす事に成功します。

人間の皮を破ると、中から巨大なゴキブリのようなエイリアンが登場し、戦いになってしまいました。戦いの中でエイリアンに飲み込まれたエージェントKを見たエージェントJは、攻撃もする事ができなくなります。

飲み込まれたエージェントKは、エイリアンのお腹の中から武器をぶっ放し、見事外へ脱出しました。エージェントJとエージェントKは、銀河系を取り戻す事に成功します。

エージェントKは、念願だった一般人としての生活に戻る事になりました。エージェントJは、エージェントKの記憶を消しMIBでエイリアンの捜査をする事になります。

ザルタの光を探すサーリーナは、部下のエイリアンのスクラッドの元へ向かいます。そして、ピザ屋を営んでいるエイリアンのベンの元へ行きました。エイリアンのベンは、ザルタの光の場所など知らないと言います。

ピザ屋で働いているローラは、店でエイリアンたちが争っているのを見て隠れました。ベンが殺されてしまい、思わず声を上げそうになりましたが、スクラッドはローラに気づかず帰ります。

ピザ屋に駆けつけましたエージェントJは、ローラから話を聞きました。エージェントJは、ローラの記憶を消さずに本部へと戻っていきます。エージェントZに話を聞くと、ザルタの光の場所を知っているのはエージェントKだけだったのです。

エージェントJは、エージェントKを呼び戻す為に記憶を無くし郵便局で働く「ケビン・ブラウン」に会いに行きます。エージェントJは、MIBに戻るように言いましたが、ケビン・ブラウンは記憶がないので追い返そうとしました。

何とか逃げ出す事に成功したエージェントJは、エージェントKをジャックの店に連れて行きます。試作品の記憶復元装置を試す事にしましたが、サーリーナはMIBに捕まっていたエイリアンに2人を追わせる事にしました。

記憶復元装置は結局役に立たず、エイリアンと戦闘になります。何とか倒した2人は、ローラをひとまず逃がす事にしました。そして、過去のエピソードのビデオを見たエージェントKは、全てを思い出します。

全てを思い出したエージェントKは、ローラがぜルタ星の出身でかつてエージェントKが好きになったエイリアンの娘だったのです。ザルタの光は、ローラの付けているブレスレットに隠されていました。

ローラがサーリーナに攫われ、エージェントKとエージェントJはMIB本部へ戻り助け出す事にします。エイリアンたちと戦い、エージェントKたちはローラを奪還する事に成功しました。

脱走したアニマル・ボリスは、エージェントKを殺す為に再び地球を目指しました。一緒に仕事をしていたエージェントKとエージェントJでしたが、珍しく夜に電話をしていると突然切れてしまいます。

次の日にエージェントJは、エージェントKに会いに行きました。ですが、そこには知らない家族が住んでいて混乱します。MIBへ行ってもエージェントKの姿が見えず騒いでいると、エージェントOがタイムリープをした事に気づきました。

アニマル・ボリスの狙いでもあるアークネットも持つグリフィンを奪われそうになりながらも、エージェントKとエージェントJは何とか死守する事に成功しました。

ロケットの発射時間が迫り、アークネットを取り付ける為にエージェントJの父親の大佐に協力してもらいます。無事にアークネットを取り付ける事に成功しましたが、エージェントJの父親は殺されてしまいました。

エージェントKは、幼いエージェントJに話しかけ海辺を歩いて行きます。現代に戻った2人は、いつも通りに食事をしました。