ニュートは、魔法動物を使って魔法省を攻撃するグレイブスを捕らえました。捕らえられたグレイブスに異変を感じたニュートは、魔法で変装を解きます。すると、グレイブスの正体は闇の魔法使いの「グリンデルバルド」だったのです。

グリンデルバルドは、ニュートに向かって顔を覚えたと威嚇します。そして、魔法省によって連行されて行きました。魔法省は、ティナやニュートを誤解した事を謝罪しグリンデルバルドの逮捕に協力してくれた事に感謝します。

ですが、マグルたちに魔法の存在がバレた事や記憶を消す方法が無い事などを魔法省は嘆いていました。するとニュートは、自分の世話をしていた魔法動物を使えば街の人の記憶を消す事が出来ると言いました。

サンダーバードを呼び出したニュートは、お別れを言って記憶を消す魔法の薬を雨に混ぜて撒く事にしたのです。一緒に行動していたジェイコブは、魔法使いではないので他のマグルと同じように記憶が消える事になってしまいます。

クイニーは、ジェイコブとの別れを嫌がりどこかへ行こうと言いましたが、ジェイコブは受け入れ雨にうたれました。そしてクイニーは、目をつぶるジェイコブにキスをしてニュートたちと去っていきます。ニュートは、帰る事になり見送りに来ていたティナと別れの挨拶をしました。ニュートとティナは、また会う約束をして別れます。

魔法省に入り闇払いになるように言われた「ニュート・スキャマンダー」でしたが、断り国から出る事を禁じられてしまいます。そして、尾行を付けられていた「ニュート」でしたが、尾行を巻いて「アルバス・ダンブルドア」に会いました。

「ダンブルドア」に「クリーデンス」を助けるように頼まれ困りながら帰った「ニュート」の元へ、「ジェイコブ」と「クイニー」が訪ねてきます。

ロンドンへ向かったニュートとジェイコブは、ティナの手がかりを見つけある男性を捜し出しました。その男性は、クリーデンスの事を殺そうとしていたのです。

ティナを救いだしたニュートとジェイコブは、男性から情報を聞き出す事に成功します。ティナは、ニュートとリタが婚約したと勘違いしていて、すぐにニュートたちの元から離れようとしました。

一方で、迷子になったクイニーはある女性に声を掛けられグリンデルバルドと出会いました。警戒していたクイニーでしたが、あっさりと解放されます。

ティナを追いかけたニュートは、街の中でグリンデルバルドの集会の目印を見つけ魔法省に乗り込みクリーデンスの生い立ちを調べようとしました。

集会でグリンデルバルドは、魔法使いたちに演説をしていました。その会場には、闇払い達も紛れていたのです。クイニーは、ジェイコブと再会する事が出来ますが、ジェイコブが立ち去ろうと言ったのを拒否しました。

魔法使いの1人が闇払いの攻撃に応戦し、やられてしまいグリンデルバルドに賛同する魔法使いたちは会場を離れて行きます。

ひと段落したニュートは、ニフラーがあるモノをグリンデルバルドから盗んだ事に気づきます。ダンブルドアは、ニュートから血の誓いを受け取り魔法を使えるように戻してもらいます。

一方でグリンデルバルドは、クリーデンスに本当の名前「アウレリウス・ダンブルドア」だと教え宿敵が兄の「ダンブルドア」だと伝えたのです。

ニュートとダンブルドアは、ニュートの兄で超エリート魔法使い「テセウス」や魔法動物を愛するニュートの助手「バンティ」、アメリカのイルヴァーモーニー魔法魔術学校の呪文学の教師「ユーラリー」、名門魔法族の末裔「ユスフ」、陽気なマグル「ジェイコブ」らとデコボコチームを結成。

メンバーたちは、グリンデルバルドを止めるためダンブルドアの「秘密の作戦」に挑みます。

ニュートの相棒であるボウトラックルの「ピケット」やキラキラしたものが大好きなニフラーの「テディ」など魔法動物たちも活躍を見せます。

今作では、ダンブルドアと彼の一族に隠された秘密が明らかに。また、ホグワーツ城やホグズミード村などが登場するなど、「ハリー・ポッター」シリーズとのつながりを深く感じさせるファン必見の内容となっています。